En octubre de 1992 Bolivia realizó una presentación al Grupo del Mercado Común del MERCOSUR sobre su posible incorporación al MERCOSUR (El Artículo 20 del Tratado de la Asunción de 1991, el cual creo la Unión Aduanera del MERCOSUR, contempla la adhesión de partes adicionales al Tratado una vez que el Acuerdo del MERCOSUR ha estado en vigencia por cinco años). Durante su reunión del 17 de enero de 1994, el Consejo del Mercado Común del MERCOSUR emitió un comunicado destacando la prioridad del acuerdo comercial con Bolivia e invitando a este país a participar en calidad de observador en algunos de los grupos de trabajo del MERCOSUR. En 1995 el MERCOSUR emitió el Memorandum de Entendimiento para el Relacionamiento de Bolivia con el MERCOSUR, el cual estableció las bases para un acuerdo comercial con Bolivia con vistas a la conformación de una zona de libre comercio en un plazo máximo de diez años.

El 7 de diciembre de 1995 las Partes firmaron un acuerdo, registrado en la ALADI como Acuerdo de Complementación Económica No 34, con una duración de un año a partir del 1° de enero de 1996, con el propósito de continuar las negociaciones de un tratado de libre comercio más amplio. En el párrafo 7 de la Comunicación de los Presidentes del MERCOSUR al finalizar su reunion del 25 de junio de 1996, se expresa satisfacción por el avance logrado en las negociaciones, asi como también seguridad sobre la celebración de un acuerdo de libre comercio.

El 17 de diciembre de 1996, Argentina, Brasil, Paraguay y Uruguay, Estados Partes del Mercado Común del Sur -MERCOSUR- y Bolivia suscribieron el Acuerdo de Complementación Económica Nº 36 (ACE 36) que entró en vigencia el 28 de febrero de 1997, con el objetivo de formar un área de libre comercio en un plazo máximo de 10 años a partir de la entrada en vigencia del Acuerdo. Este Acuerdo reemplaza el ACE Nº 34.

El MERCOSUR y el resto de países de la Comunidad Andina continuaron el proceso de profundización de sus relaciones comerciales, para lo cual entablaron procesos específicos de negociación de acuerdos de libre comercio dentro del marco Comunidad Andina-MERCOSUR, que derivaron en la conclusión del Acuerdo de Complementación Económica No 58 entre Peru y MERCOSUR y el Acuerdo de Complementación Económica No 59 entre Colombia, Ecuador, Venezuela y MERCOSUR.

El Acuerdo entró en vigencia el 28 de febrero de 1997.

Los instrumentos legales que permitieron la entrara en vigencia del acuerdo en cada uno de los países son los siguientes:

ARGENTINA: Decreto N° 415 de 18/03/1991 (CR/di 274)
BOLIVIA: Decreto Supremo N° 24.503 de 21/02/1997 y Decreto Supremo (vigencia administrativa) 25651 de 14/01/2000 (CR/di 654 y CR/di 1057)
BRASIL: Decreto N° 2.240 de 28/05/1997 (CR/di 690 y SEC/di 980)
PARAGUAY: Decreto N° 16.626 de 21/03/1997 (CR/di 685)
URUGUAY: Decreto N° 663 de 27/11/1985 (SEC/di 202)

El texto del acuerdo es complementado por una serie de protocolos adicionales que guían su implementación, particularmente en el área de las reglas de origen especificas, y modifican las obligaciones contenidas en el texto normativo. A continuación, se listan los protocolos del ACE 36, incluyendo el protocolo sobre integración física. Los documentos son presentados en orden cronológico, el mas reciente listado primero.

Protocolos adicionales al ACE 36
28 diciembre 2005	Vigésimo Tercer Protocolo Adicional: Modifica el Artículo 19, a través de un cambio en la fecha a partir de la cual los productos que incorporen en su fabricación insumos importados temporalmente, o bajo el régimen de draw back, no se beneficiarán del Programa de Liberalización establecido en el Acuerdo
30 diciembre 2004	Vigésimo Segundo Protocolo Adicional: Incorpora el "Acuerdo para la Facilitación del Comercio mediante el establecimiento de Áreas de Control Integrado en las fronteras entre los Estados Partes del MERCOSUR y la República de Bolivia".
30 setiembre 2004	Vigésimo Primer Protocolo Adicional: Incorpora y ajusta preferencias en los Anexos 2 y 7 del Acuerdo
7 diciembre 2004	Vigésimo Protocolo Adicional: Incorpora el "Acuerdo entre la República Argentina y la República de Bolivia sobre la Construcción del Puente en el Paso Fronterizo Salvador Mazza – Yacuiba" (firmado el 19 marzo 2004) como Anexo al Protocolo Adicional sobre Integración Física
23 julio 2004	Decimonoveno Protocolo Adicional: Introduce cambios al acuerdo original a través de modificaciones en las preferencias otorgadas por los países suscriptores del mismo
7 agosto 2002	Decimoctavo Protocolo Adicional: Extiende el régimen especial de origen, establecido en las secciones (a) y (b) del Apéndice 2 del Anexo 9 del ACE 36 desde el 1 julio 2002 hasta el 31 diciembre 2002
31 diciembre 2001	Decimoséptimo Protocolo Adicional: Cupos otorgados de Argentina a Bolivia
31 diciembre 2001	Decimosexto Protocolo Adicional: Aplicación de la sección (a) del Apéndice 2 del Anexo 9 del ACE 36 hasta el 31 marzo 2002
31 diciembre 2001	Decimoquinto Protocolo Adicional: Modifica el Artículo 19 (bajo la sección de Incentivos a la Exportación) del ACE 36
3 agosto 2001	Decimocuarto Protocolo Adicional: Profundización de preferencias (establecidas en los Anexos 1-7) otorgadas entre los países signatarios y requisitos específicos de origen<
19 junio 2001	Decimotercero Protocolo Adicional: Modifica el plazo de validez de los certificados de origen
19 junio 2001	Decimosegundo Protocolo Adicional: Argentina otorga un cupo de importación hasta el 31 diciembre 2001
19 junio 2001	Decimoprimer Protocolo Adicional: Aprueba el Régimen de Solución de Controversias definitivo (establecido en el Anexo I del Protocolo Adicional)
19 junio 2001	Décimo Protocolo Adicional: Extiende el plazo de aplicación del Régimen de Origen previsto en el Apéndice 2, literal b) del Anexo 9 del Acuerdo
19 junio 2001	Noveno Protocolo Adicional: Establece la entrada en vigencia del 12 marzo 2002 para la certificación de origen de los productos exportados a través de ductos
27 abril 2000	Octavo Protocolo Adicional: Prorroga la entrada en vigencia del Anexo 11 del ACE N° 36 desde el 29 febrero 2000 y hasta la entrada en vigencia del nuevo Régimen de Solución de Controversias
30 diciembre 1999	Séptimo Protocolo Adicional: Prorroga el tratamiento especial del Régimen de Origen para los productos incluidos en el Apéndice 2, literal b) del Anexo 9 del ACE Nº 36 desde el 01 enero hasta el 31 marzo 2000
30 diciembre 1999	Sexto Protocolo Adicional: Prorroga los tratamientos preferenciales con cupo establecido en el Anexo 2 para los ítem 6205.20.00 y 6205.30.00, desde el 01 enero 2000 hasta el 31 marzo 2000
27 setiembre 1999	Quinto Protocolo Adicional: Modifica el artículo 15 del Anexo 9 del Acuerdo, relativo a la emisión de certificados de origen para el caso de mercaderías a ser expuestas en ferias y exposiciones
29 junio 1999	Cuarto Protocolo Adicional: Modifica el artículo 42 del Acuerdo
21 enero 1999	Tercer Protocolo Adicional: Amplía preferencias para productos del Capítulo 27
05 agosto 1998	Segundo Protocolo Adicional: Sustituye los requisitos de origen del Anexo 9, numeral 25, del Apéndice I, el cual establece las reglas especificas de origen en telecomunicaciones y en informática < a href="Protocols/Prot2_s.asp">
14 octubre 1997	Primer Protocolo Adicional: Incorpora formulario para la certificación de origen de las mercancías negociadas
30 setiembre 1996	Protocolo Adicional sobre la integración física
Fuente:  Secretaría de la ALADI

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